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教师简历
林 魁   (1963年6月)
博士 教授
电话:010-58805045
传真:010-58805045
E-mail:linkui@bnu.edu.cn
个人主页:http://cmb.bnu.edu.cn/teachers/link.htm
个人简历

      •1983年本科毕业于兰州大学数力系数学专业,1997年兰州大学获理学博士学位;
      •1998年1月- 1999年1月在新加坡国立大学生物信息学中心 (BIC, NUS) 博士后,1999年2月- 2000年1月在新加坡国立大学生物信息学中心 (BIC, NUS) 工作 (Research Fellow),2000年2月- 2001年10月在新加坡分子与细胞生物学研究院 (Institute of Molecular & Cell Biology) 工作 (Research Fellow),2001年11月- 2002年8月在新加坡基因组研究所 (Genome Institute of Singapore) 工作 (Research Scientist);
      •2002年8月- 2007年6月任北京师范大学生命科学学院生物信息学副教授,2007年7月至今任北京师范大学生命科学学院生物信息学教授。

主要研究内容

植物与微生物基因组分析:通过建立分析平台,对基因组/转录组数据进行组装、注释以及基因功能与进化分析,并建立起对应的组学数据库供相关研究者使用(主要与中国农科院黄三文研究员合作)。

大肠杆菌实验进化研究:利用全群体全基因组测序(whole-genome whole-population sequencing)方法研究在特定条件下大肠杆菌群体适应过程中基因组的变化动态(与生态所张大勇教授合作)。

基因组进化:基于特定进化生物学问题,开发、改进和应用计算方法,对全基因组序列进行比较分析,试图理解基因组水平上物种或者群体的进化历史。

代表性论著

Lin, K., Limpens, E., Zhang, Z.H, Ivanov, S., Saunders, DGO., Mu, D.S., Pang, E.L., Cao, H.F., Cha, H.H., Lin, T., Zhou, Q., Shang, Y., Li, Y., Sharma, T., Velzen, R.V., Ruijter, N., Aanen, D.K., Win, J., Kamoun, S., Bisseling, T., Geurts, R., Huang, S.W. (2014) Single Nucleus Genome Sequencing Reveals High Similarity among Nuclei of an Endomycorrhizal Fungus. PLoS Genet 10(1): e1004078. doi:10.1371/journal.pgen.1004078.
Zhang, Y. and Lin, K*. (2012) A phylogenomic analysis of Escherichia coli / Shigella group: implications of genomic features associated with pathogenicity and ecological adaptation. BMC Evolutionary Biology, doi:10.1186/1471-2148-12-174.
Li, Z., Zhang, Z.H., Yan, P.C., Huang, S.W., Fei, Z.j., and Lin, K*. (2011) RNA-Seq improves annotation of protein-coding genes in the cucumber genome. BMC Genomics, doi: 10.1186/1471-2164-12-540.
Pang, E.L. and Lin, K*. (2010) Yeast protein–protein interaction binding sites: prediction from the motif–motif, motif–domain and domain–domain levels. Molecular BioSystems, doi: 10.1039/C0MB00038H.
Lin, K., Zhang, D.Y. and He, F. (2009) Demographic trade-offs in a neutral model explains death rate-abundance rank relationship. Ecology, 90(1):31-38.